Cette église, construite entre le XVIe et le XVIIIe siècle, se dresse sur les vestiges de l'ancienne mosquée aljama, au pied de l'enceinte de l'alcazaba, reflétant dans ses murs l'histoire complexe de la ville et ses transformations successives.

Après la conquête par les Rois Catholiques et sa consécration ultérieure en tant que temple chrétien, ce n'est qu'en 1529 que les premiers travaux d'envergure ont commencé. À cette époque, un bâtiment de style gothique a été conçu. Cependant, un tremblement de terre dévastateur en 1531 a détruit une grande partie de la construction, ne laissant intacts que le chevet et ses chapelles ogivales.

La reconstruction fut confiée au prestigieux architecte Alonso de Covarrubias, qui conçut un nouveau temple de style Renaissance, avec trois nefs, un déambulatoire et d'élégantes voûtes en croisée d'ogives. À l'intérieur, on remarque la grande chapelle de la famille Araoz, avec un grand arc toral et une splendide décoration plateresque, d'après les plans de Diego de Siloé et réalisée par Rodrigo de Gibaja. En 1625, la sacristie et la salle capitulaire, adossées au chevet et couronnées d'une galerie d'arcs en plein cintre, furent achevées. À l'intérieur, de précieux plafonds à caissons ont été conservés, tandis que la façade est ornée d'une belle grille de tradition Renaissance.

Un nouveau tremblement de terre en 1755 obligea à intervenir à nouveau sur le bâtiment. En conséquence, en 1764, la tour fut reconstruite, ses trois premiers corps furent renforcés et deux autres de forme octogonale furent ajoutés, où se trouvent aujourd'hui les cloches.

Le temple dispose de trois accès : le portail principal, d'une grande beauté et attribué à Diego de Siloé ; une deuxième porte, en forme d'humiliadero ; et une austère construction située au pied du bâtiment, à côté de la tour, avec un magnifique corps de cloches de style murcien typique du XVIIIe siècle. Jusqu'au XIXe siècle, cette église avait le rang de collégiale-co-cathédrale, soulignant son importance religieuse et patrimoniale.