Esta iglesia, levantada entre los siglos XVI y XVIII, se alza sobre los restos de la antigua mezquita aljama, a los pies del recinto de la alcazaba, reflejando en sus muros la compleja historia de la ciudad y sus sucesivas transformaciones.

Tras la conquista por los Reyes Católicos y su posterior consagración como templo cristiano, no fue hasta 1529 cuando se iniciaron las primeras obras de envergadura. En ese momento se proyectó un edificio de estilo gótico. Sin embargo, un devastador terremoto en 1531 derribó gran parte de lo construido, salvándose únicamente la cabecera y sus capillas ojivales.

La reconstrucción fue confiada al prestigioso arquitecto Alonso de Covarrubias, quien diseñó un nuevo templo de estilo renacentista, con tres naves, girola y elegantes bóvedas de crucería. Destaca en su interior la gran capilla de la familia Araoz con un gran arco toral con una espléndida muestra de decoración plateresca, según trazas de Diego de Siloé, y ejecutada por Rodrigo de Gibaja. En 1625 se completaron la sacristía y la sala capitular, adosadas a la cabecera y coronadas por una galería de arcos de medio punto. En su interior se conservan valiosos alfarjes, mientras que su fachada luce una bella reja de tradición renacentista.

Un nuevo seísmo en 1755 obligó a intervenir de nuevo en el edificio. Como resultado, en 1764 se reconstruyó la torre, reforzando sus tres primeros cuerpos y añadiendo dos más de planta octogonal, donde hoy se alojan las campanas.

El templo cuenta con tres accesos: la portada principal, de gran belleza y atribuida a Diego de Siloé; una segunda puerta, a modo de humilladero; y una austera resolución situada a los pies del edificio, junto a la torre con un magnifico cuerpo de campanas a la murciana típico del siglo XVIII. Hasta el siglo XIX esta iglesia ostentó el rango de colegiata-concatedral, subrayando su importancia religiosa y patrimonial.